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该研究基于华大智造DNBSEQ测序平台，对瑞典知名癌症样本与数据库U-CAN队列中的1063例结直肠癌样本进行全基因组和转录组测序分析，鉴定得到了96个显著突变基因，其中，有24个为新发现的潜在驱动基因，而与WNT, EGFR和TGF-β通路相关的驱动基因与结直肠癌生存显著相关。不仅如此菠菜软件，研究人员还利用突变时序分析，推导出了9个与癌症发生早期事件相关的驱动突变基因，和更倾向于在癌症发生的后期阶段出现的突变基因。这些发现为结直肠癌的早期检测和靶向治疗的开发提供了临床研究策略，并揭示了与肿瘤后期侵袭和转移相关的重要分子变化。

随后，分析团队利用同一肿瘤样本的基因组和转录组数据进行了整合分析，验证了无论是否为微卫星不稳定肿瘤，其抑癌基因上的突变均导致基因表达降低，从而更容易患癌。进一步地菠菜软件，研究团队基于肿瘤基因表达差异，将结直肠癌预后分为了5个预后亚型CRPS，相较于结直肠癌经典的共识分子分型CMS，该研究构建的CRPS能更加准确地预测预后。