Ledock(分子对接软件) v1.0官方版

Ledock是一款分子对接软件，支持大规模虚拟筛选，运行速度快。分子对接是基于配体-受体相互作用的“锁钥原理”，模拟小分子配体与受体生物大分子之间的相互作用，可能被从事相关科研工作的朋友所用！

Ledock(分子对接软件)的使用方法

软件中有两个选项卡，其中LePro用于分子蛋白处理，可以去除离子、金属、水分子等。在蛋白质中，并生成用于分子对接的in文件。对接参数确定后，可以使用LeDock项目进行分子对接。

第一，蛋白质制备

在LePro标签的Protein输入中选择3cl0.pdb的路径(注意路径不能包含中文)，然后软件会在这个路径下自动生成pro.pdb(加工蛋白的pdb文件)和dock.in(下一次分子对接的参数文件)，点击添加氢，上面两个文件会立即生成。文件dock.in包括均方根偏差(RMSD)、装订袋和装订姿势数。RMSD表示聚集构象时RMSD的截断值；结合口袋代表结合位点的三维坐标，分别是Xmin Xmax、yminymax、zminzmax结合姿态数表示生成的构象数，聚类后生成的构象数将少于之前生成的构象数。

二、分子对接

在LeDock标签的Protein输入和Docking输入中指定上一步生成的pro.pdb和dock.in文件的路径，并指定配体——lig.mol2在配体输入中对接的路径(该路径应与前两个文件的路径相同，对接的分子应为mol2格式)。最后点击开始停靠生成Iig.dok文件(生成的化合物构象所在的文件)，可以用Pymol观察化合物的构象。Ledock是一款分子对接软件，支持大规模虚拟筛选，运行速度快。分子对接是基于配体-受体相互作用的“锁钥原理”，模拟小分子配体与受体生物大分子之间的相互作用，可能会被从事相关科研工作的朋友所用！

Ledock(分子对接软件)的使用方法

软件中有两个选项卡，其中LePro用于分子蛋白处理，可以去除离子、金属、水分子等。在蛋白质中，并生成用于分子对接的in文件。对接参数确定后，可以使用LeDock项目进行分子对接。

第一，蛋白质制备

在LePro标签的Protein输入中选择3cl0.pdb的路径(注意路径不能包含中文)，然后软件会在这个路径下自动生成pro.pdb(加工蛋白的pdb文件)和dock.in(下一次分子对接的参数文件)，点击添加氢，上面两个文件会立即生成。文件dock.in包括均方根偏差(RMSD)、装订袋和装订姿势数。RMSD表示聚集构象时RMSD的截断值；结合口袋代表结合位点的三维坐标，分别是Xmin Xmax、yminymax、zminzmax结合姿态数表示生成的构象数，聚类后生成的构象数将少于之前生成的构象数。

二、分子对接

在LeDock标签的Protein输入和Docking输入中指定上一步生成的pro.pdb和dock.in文件的路径，并指定配体——lig.mol2在配体输入中对接的路径(该路径应与前两个文件的路径相同，对接的分子应为mol2格式)。最后点击开始停靠生成Iig.dok文件(生成的化合物构象所在的文件)，可以用Pymol观察化合物的构象。

如何下载和安装：

每天在下载站的下载地址下载Ledock(分子对接软件)的ZIP包并解压，如图：

双击文件LeDock.exe安装和使用它。如果是绿色版本，可以不用安装直接使用。

每天下载边肖的留言：一款可以帮你在电脑上配置对接方案的软件。你可以通过这个软件进行分子对接操作。研究生物学中的分子是一个非常重要的课题，许多生物数据都是由计算机计算出来的。生物实验也可以在软件上模拟执行，可以更好的管理自己的生物数据。这里边肖提供的Ledock软件功能不多，主要是给用户提供一个分子对接操作，只是把你的蛋白质数据加载到软件中。